(1)神經系統反應。四環素、腎上腺素、維生素A、氨硫脲等較易沉積於骨組織中，阻礙骨骼的發育，甚至引起腦水腫；腎上腺皮質激素可引起新生兒手足抽搐症；鏈黴素、慶大黴素、卡那黴素、多黏菌素B等易損傷新生兒酌聽神經及腎功能。
(2)心臟血管系統反應。新生兒強心藥——洋地黃若用量偏大，易引起毒性反應；另外新生兒的交感神經相對活躍，心率比較快，使用能引起心率加快的藥物時要慎重。
(3)消化系統反應。應用氯丙嗪後，容易引起麻痺性腸梗阻；金黴素、新生黴素、呋喃素、氯丙嗪、異煙肼等，易引起新生兒中毒性肝臟損害。
(4)腎臟損害。新黴素、慶大黴素、卡那黴素、鏈黴素等對腎臟有一定程度的損害，應慎用；大劑量應用維生素D，尤其在腎功能不良時，很容易引起腎鈣化。
(5)血液變化。氯黴素可引起新生兒再生性障礙性貧血；碘胺類及水楊酸鹽等易引起血小板減少；伯氨基、磺胺類或大劑量青黴素可引起溶血性貧血；磺胺類、氯丙嗪、對氨基水楊酸、非那西丁等藥物易發生藥源性高鐵血紅蛋白血癥。
(6)智力發育障礙。長期應用中樞抑制藥，可能會抑制患兒的學習和記憶能力，導致智力發育遲緩或障礙，影響患兒的學習和成長。目前已知苯二氮卓（如安定）類抗焦慮劑有致遺忘作用；許克銘等對107例癲癇患兒的記憶力進行研究表明，苯妥英鈉和丙戊酸鈉均會影響患兒的記憶能力。
總而言之，新生兒在很多方面對藥物有特殊要求，藥物對新生兒也有與成人不完全相同的特殊不良反應，因此，必須對藥物的治療作用與不良反應進行全面瞭解，謹慎使用，家長切不可隨意給新生兒用藥，必須要請醫生指導。
